Um dos primeiros tipos de vírus conhecido, o vírus de boot infecta a parte de inicialização do sistema operacional. Assim, ele é ativado quando o disco rígido é ligado e o Sistema Operacional é carregado.
Os vírus do tipo "bomba-relógio" são programados para se ativarem em determinados momentos, definidos pelo seu criador. Uma vez infectando um determinado sistema, o vírus somente se tornará ativo e causará algum tipo de dano no dia ou momento previamente definido. Alguns vírus se tornaram famosos, como o "Sexta-Feira 13", "Michelangelo", "Eros" e o "1º de Abril (Conficker)".
Como o interesse de fazer um vírus é ele se espalhar da forma mais abrangente possível, os seus criadores por vezes, deixaram de lado o desejo de danificar o sistema dos usuários infectados e passaram a programar seus vírus de forma que apenas se repliquem, sem o objetivo de causar graves danos ao sistema. Desta forma, os seus autores visam a tornar suas criações mais conhecidas na Internet. Este tipo de vírus passou a ser chamada de verme ou worm. Eles estão mais aperfeiçoados, já há uma versão que ao atacar a máquina hospedeira, não só se replica, mas também se propaga pela INTERNET, pelos e-mails que estão registrados no cliente de e-mail, infectando as máquinas que abrirem aquele e-mail, reiniciando o ciclo .
Certos vírus trazem em seu bojo um código a parte, que permite a um estranho acessar o micro infectado ou coletar dados e enviá-los pela Internet para um desconhecido, sem notificar o usuário. Estes códigos são denominados de Trojans ouCavalos de Tróia. Apesar de popularmente costumar-se denominar “vírus” qualquer ataque à segurança do computador, de acordo com o CERT.br (2012, p. 113), o vírus e o Cavalo de Tróia são tipos distintos de código malicioso (malware), sendo este o termo correto aplicável a qualquer software desenvolvido com a finalidade de causar dano ao computador.
Inicialmente, os Cavalos de Tróia permitiam que o micro infectado pudesse receber comandos externos, sem o conhecimento do usuário. Desta forma o invasor poderia ler, copiar, apagar e alterar dados do sistema. Atualmente os Cavalos de Tróia procuram roubar dados confidenciais do usuário, como senhas bancárias.
Os vírus eram, no passado, os maiores responsáveis pela instalação dos Cavalos de Tróia como parte de sua ação, pois eles não têm a capacidade de se replicar.
Atualmente, os Cavalos de Tróia não mais chegam exclusivamente transportados por vírus, mas instalados quando o usuário baixa um arquivo da internet e o executa. Prática eficaz devido a enorme quantidade de e-mails fraudulentos que chegam nas caixas postais dos usuários. Tais e-mails contém um endereço na Web para a vítima baixar o Cavalo de Tróia, ao invés do arquivo que a mensagem diz ser. Esta prática se denomina phishing, expressão derivada do verbo to fish, "pescar" em inglês. Atualmente, a maioria dos Cavalos de Tróia visam a sites bancários, "pescando" a senha digitada pelos usuários dos micros infectados. Há também Cavalos de Tróia que ao serem baixados da internet veem "guardados" em falsos programas ou em anexos de e-mail, encriptografam os dados e os comprimem no formato ZIP. Um arquivo .txt dá as "regras do jogo": os dados "seqüestrados" só serão "libertados" mediante pagamento em dinheiro para uma determinada conta bancária, quando será fornecido o código restaurador.
Também os Cavalos de Tróia podem ser usados para levar o usuário para sites falsos, onde sem seu conhecimento, serão baixados trojans para fins criminosos, como aconteceu com os links do google, pois uma falha de segurança poderia levar um usuário para uma página falsa. Por este motivo, o serviço pode ficar fora do ar por horas para corrigir esse bug, pois caso contrário as pessoas que não distinguissem o site original do falsificado seriam afetadas.
Outra consequência é o computador tornar-se um zumbi e, sem que o usuário perceba, executar ações como enviar Spam, se auto-enviar para infectar outros computadores e fazer ataques a servidores (normalmente um DDoS, um acrônimo em inglês para Distributed Denial of Service — em português, ataque distribuído de negação de serviço). Ainda que apenas um micro de uma rede esteja infectado, este pode consumir quase toda a banda de conexão com a internet realizando essas ações mesmo que o computador esteja sem utilização, bastando estar ligado. O objetivo, muitas vezes é criar uma grande rede de computadores zumbis que, juntos, possam realizar um grande ataque a algum servidor que o autor do vírus deseja "derrubar" ou causar grande lentidão.